Struktur organisasi pemerintahan desa kupang ditetapkan dengan Pola Minimal yang terdir atas;
Kepala desa : ANDRIDI
Sekretaris desa : DIKI INDRA PERMANA
Kepala Urusan (3 orang)
- Kepala Urusan Umum & TU : IKA YUNI CANDRA DEWI
- Kepala Urusan Keuangan : NANI DWI LESTARI
- Kepala Urusan Perencanaan : KHOIRUL HALIM
Kepala Seksi
- Kepala Seksi Pemerintahan : ZAINUDIN
- Kepala Seksi Pelayanan : SUNDARI
- Kepala Seksi Kemasyarakatan : –
Kepala Dusun
- Dusun Wates : EKA WAHYU FEBRI
- Dusun Warugunung Tengah : MANSUR
- Dusun Warugunung Lor : JUNAEDI
- Dusun Kupang : MUNDZARIN
- Dusun Pasinan Kulon : SUHARTONO
- Dusun Pasinan Wetan : TAUFIQURROHMAN
